
DNA常被比作生命说明书,但它本身不会自动翻页、加粗或撕掉某页。真正决定“哪段文字被阅读”的,是表观遗传——它不改变DNA序列,却通过化学标记和空间构型来开关基因。不过,这两大系统在单细胞层面的协同关系始终未明。
美国索尔克生物研究所领衔的国际团队,发布全球首个覆盖全身的单细胞表观遗传图谱——这可不是一份基因序列清单,而是一张动态的“细胞身份护照”,首次让科研人员在同一细胞中同步读取DNA如何折叠成三维结构,又如何被甲基化“盖章”——两大调控系统,终于不再各自为政了。
相关研究成果,7月23日发表于国际期刊《科学》。
相较于之前的单细胞DNA测序,要么拍DNA的3D结构快照(Hi-C),要么测甲基化位点(WGBS),如同分别拍摄一座建筑的立体模型和门窗编号清单,却不知哪扇窗对应哪层楼。索尔克团队突破的关键,在于开发出一种同步检测技术——它像给每个细胞装上双向摄像头:一个拍摄Hi-C信号,一个记录WGBS,首次将二者锚定在同一细胞内。
研究人员发现,甲基化热点常位于染色质环的锚点附近——原来“盖章”并不是随机贴标签,而是精准卡在DNA折叠的关键铰链处。这也解释了为何某些基因突变虽不在编码区,却因扰乱折叠导致远端致癌基因失控激活。
图谱采用单细胞多组学技术,纳入16种人体组织的86689个细胞,并逐个识别出35种主要细胞类型,更是细分出206种功能亚型;图谱还修正了科学界对“非CG甲基化”的认知,这种曾被认为仅存在于脑和干细胞中的特殊修饰,此次在肌肉、胰腺及免疫细胞中均检出功能性分布。
在配套发表的其他论文中,有团队利用该图谱的甲基化条形码特征,发现大脑海马区小胶质细胞被替代的模式,颠覆了该类细胞终身驻留中枢的传统认知。
为支持后续研究,团队已开放交互式数据浏览器,公开了包含1950亿次甲基化测量和180亿次染色质互作的基础数据集——这类带细胞注释的高精度数据,正成为训练AI预测变异功能的稀缺资源。